这是唐宋时期的“化外之民”，成为了具有本土意识的中国穆斯林。
明代是伊斯兰教在中国的本土化的时期。此时的伊斯兰教信奉者已经不是唐宋时期的侨民，也不是元代外来人，而是本土伊斯兰教信仰者群体。
朱明王朝建立后推行同化政策，穆斯林开始说汉语、改汉姓、穿汉装。而且在当时的大背景下（明初闭关锁国政策）中外伊斯兰文化的交流被切断。
伊斯兰教的中国本土化成为必然的、唯一的选择。以清真寺为校舍的办学形式、“以儒诠经”的讲经方法，形成了中国伊斯兰教的特色教育制度。
伊斯兰教的文化与中国的传统文化开始了交融。既满足了穆斯林自身生存与发展的空间，又可得到中国传统文化主导下的社会各阶层对伊斯兰教的认可。
清朝是伊斯兰教在中国的艰难时代。随着穆斯林知识分子“以儒诠经”的视野和社会影响，译着内容“已由宗教哲学、宗教典制扩及到天文历法、地理和《古兰经》之汉译了”。
但统治阶层以伊斯兰教教规不符合主流社会的意识，而遭到压制、打击，使穆斯林与清政府的矛盾变得尖锐，从而引发执政者与伊斯兰教信教者的剧烈冲突。
在清朝疆域内，特别是在陕、甘、宁、青等地，爆发了以 “反清复明”为口号的多次反清斗争。明清时期，中国穆斯林知识分子的汉文译着运动对中国伊斯兰教的发展产生了重要影响。
而眼前连根苗都算不上，只是少部分阿拉伯海商的一次传教尝试。