南宋时期，东南一带摩尼教更加活跃，名目繁多，淮南称二桧子，两浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教为盛。

当时摩尼教也常被农民用作组织民众反抗封建统治的工具。

贞明六年（920年），后梁陈州人毋乙、董乙以摩尼教发动民众造反。 海棠线上文学城

后唐、后晋时农民利用摩尼教进行反抗斗争之事亦“时复潜兴”。

北宋末年，方腊以明教发动农民起义，攻占七州四十八县，声势遍及今浙江、苏南、皖南和赣东北。

后起义被镇压，明教亦遭禁止，北宋统治者将其诬为“吃菜事魔”的邪法魔教。但民间信仰明教的习俗无法禁绝，南宋时期仍有农民利用摩尼教组织民众起义，摩尼教遭到更严厉的禁止，不得不转入秘密传教。

元初，统治者允许摩尼教传教，东南一带摩尼教得以恢复和发展。元中叶农民又利用摩尼教从事反抗斗争，摩尼教于是再次被禁止，在民间转入秘密活动。

明太祖恶明教上通国号，遂欲毁其宫宇，摈逐教徒。因一些大臣乞请保留，才置而不问。

但明初朝廷仍视明教为左道乱正之术，律令规定，凡以此煽惑民众，为首者处以绞刑，从者杖责一百，流放三千里。

因此摩尼教至明代已趋衰败，但民间仍有传习者。清初沿袭明律禁止摩尼教。

摩尼教从唐以来，经历代与佛、道等融合、变化，已逐渐从朝野记载中消失。