有些唐人也信奉摩尼教，长安人吴可久“奉摩尼教，妻王氏亦从之。”摩尼师多精通天文，《唐会要》记载：“贞元十五年（799年）四月，以久旱令摩尼师祈雨。”

在回鹘与唐朝的交往中，摩尼师占有重要地位。回鹘遣使唐朝时，几乎都有摩尼师偕行。一方面回鹘倚仗摩尼师出谋划策，一方面是为抬高摩尼教在唐朝的地位。

唐朝为利用回鹘，也不得不尊重摩尼教。唐朝在给予回鹘使臣赏赐物、财产时，摩尼师也享有同等的待遇，有时还通过摩尼师在唐与回鹘之间进行调和。

开成五年（840年），回鹘为黠戛斯打败；因过去回鹘恃功在长安横行不法，特别是每年以大批弱马强行换取唐朝数以万计的绢帛，引起唐朝不满，故乘机打击回鹘的势力，摩尼教也遭到排斥。

会昌二年（842年），唐朝借口“缘自闻回鹘破亡，奉法者因兹懈怠，蕃憎在彼，稍似无信，吴楚水乡，人性嚣薄，信心既去，翕集至难。”

下令暂时封闭江淮地区的摩尼教寺院，名义上说“待回鹘本土安宁，即令如旧。”实则将其取缔。

会昌三年（843年）唐大败回鹘乌介可汗，诏令在长安及洛阳的回鹘及摩尼寺庄宅钱物等，由功德使、御史台及京兆府各差官点检收抽，钱物纳官。

并“敕天下摩尼寺并令废罢”，“有司收摩尼书若象，烧于道”，并令“天下摩尼师，剃发，令着袈裟，作沙门形而煞之”，仅京城一地，就有“女摩尼72人死，及在此国回纥诸摩尼，配流诸道，死者大半。”

两年后唐武宗大规模“毁佛”，同时取缔一切外来宗教，摩尼教等教徒被勒令还俗，充国家两税户，外国人则送远处收管。

摩尼教遭此打击，在中国内地之势开始转向衰落。

随着回鹘的西迁，摩尼教在中国西北一带却有了进一步发展，相当兴盛。

五代两宋时期，摩尼教与佛教道教进一步融合。北宋时摩尼教攀附道教，崇道的北宋统治者对其十分优容，在今福建、浙江、江苏、江西和安徽等地十分流行。