张法顺给元显出主意，说桓玄刚得荆州，人心不稳，让刘牢之当前锋，大军跟上，就能打败桓玄。元显觉得有理。这时候，武昌太守庾楷来找元显，说愿意当内应。元显大喜，派张法顺去京口找刘牢之，刘牢之觉得难办。张法顺回来跟元显说，刘牢之可能要反，不如杀了他。元显不听，大治水军，让刘牢之当前锋，谯王尚之当后部，去讨伐桓玄。
桓玄一听，大惊失色，也起兵反了。桓玄的兵到了姑熟，刘牢之又反了桓玄，元显的军队溃散。桓玄进了建康，自己当了太尉，掌握了大权，杀了元显、谯王尚之等人，还让刘牢之当会稽内史。刘牢之一看，这是夺我的兵权啊，灾祸要来了。他召集手下商量，想占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不可行的事就是反叛。将军你反过王恭，反过司马元显，现在又反桓玄，一人三反，怎么立足？”说完就走了，手下也都跑了。刘牢之害怕，带着手下往北跑，到了新州，上吊自杀了。道子他们也都死了。
桓玄刚上台那会儿，那是要风得风，要雨得雨，他踢掉了那些奸臣，提拔了不少贤能之士，京城的百姓们都乐开了花，以为这下子能过上几天安稳日子了。可没过多久，桓玄就原形毕露，奢华无度，政令朝令夕改，拉帮结派，把朝廷那是欺负得够呛。皇帝连饭都吃不饱，衣服都穿不暖，老百姓们那是大失所望啊。
桓玄这家伙，自己当上了相国，还封了十郡的地盘当楚王，加了九锡的殊荣，没多久，他就把皇帝给踹下台，自己当上了皇帝，国号楚，把原来的皇帝贬成了平固王，赶到浔阳去了。桓玄刚坐上龙椅，那御床就塌了，把底下的大臣们都吓了一跳。刘裕跟着桓修去朝见桓玄，桓玄的皇后刘氏那可是个聪明人，她跟桓玄说：“你看刘裕，走路带风，眼神儿都不一样，将来恐怕不会久居人下，不如早点把他给解决了。”
桓玄却说：“我现在正忙着平定中原呢，除了刘裕，没人能帮我。等中原稳定了，咱们再商量这事儿。”刘裕跟何无忌坐一条船回京口，俩人那是密谋着要复兴晋朝。刘毅家在京口，也加入了他们的行列。何无忌说：“这天底下，草莽之中，也不缺英雄好汉。”刘毅说：“我看到的，就只有刘裕一个。”何无忌笑了笑，没搭话，回去跟刘裕说了。
他们商量好了，何无忌晚上就开始写檄文，他老妈，也就是刘牢之的姐姐，偷看到了，哭着说：“我比不上东海吕母啊！你能这么做，我还有啥遗憾的？”刘裕问何无忌：“咱们现在急需一个府主簿，上哪儿找去？”何无忌说：“没有比刘道和更合适的了。”刘道和，就是东莞的刘穆之。刘裕立刻派人去请，刘穆之一到，就被任命为府主簿。
刘裕找了个游猎的借口，跟何无忌招兵买马，凑了一百多人。天一亮，京口的城门一开，何无忌穿上传诏的衣服，自称是皇帝派来的，带着人马就冲了进去，一刀就把桓修给剁了，提着人头满街跑。刘毅也带着壮士冲进去，把桓宏也给宰了。大家一商量，推刘裕当盟主。
桓玄这时候那是急得跟热锅上的蚂蚁似的，有人说：“刘裕那就是一群乌合之众，成不了气候。”桓玄却说：“刘裕那可是能当一世枭雄的人。他家里穷得叮当响，赌博却能一掷百万。何无忌跟他舅舅一样，俩人一起干大事，怎么能说成不了气候呢？”桓玄想退到舟山，按兵不动，等着刘裕来攻。可桓谦他们非要打，桓玄没办法，只好跟刘裕在舟山干了一仗，结果被刘裕打了个落花流水。
刘裕带着刘毅他们，分成几队往前冲，他自己打头阵。刘裕的军队跟桓玄的猛将吴甫之在江东遇上，一刀就把吴甫之给解决了。接着又跟桓玄的另一员大将皇甫敷打，又一刀给宰了。将士们都玩儿命地打，一个个都跟打了鸡血似的，以一当百，喊杀声震天动地。那时候刮着北风，刘裕他们顺势放火，烟火冲天，喊杀声把京城都给震动了，桓玄的军队那是大败而逃。
桓玄带着几千亲信，跑到了石头城。刘裕进了建康，带着百官去迎接皇帝，把桓玄在建康的宗族都给宰了。刘裕到了建康，大事小情都交给了刘穆之处理，刘穆之那是手到擒来，很快就摆平了。那时候的晋朝，政令松弛，豪强欺压百姓，刘穆之那是根据实际情况，该改的改，该整的整。刘裕自己也是以身作则，不管是宫里宫外，百官都服服帖帖的。
刘毅他们在峥嵘州跟桓玄又干了一仗，把桓玄打得屁滚尿流。桓玄又挟持着皇帝跑到了江陵，宁州的督护冯迁带兵去迎击，抽出刀来就往前冲。桓玄说：“你小子是谁？敢杀天子！”冯迁说：“我就是来杀你这个天子之贼的！”一刀就把桓玄给解决了。皇帝又回到了江陵。刘毅他们提着桓玄的人头，挂在大桁上示众，把桓家的人都给宰了，就饶了桓冲的孙子桓孕一命。
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安帝回到了建康，让刘裕都督中拜渚军事，镇守京口。卢循被任命为广州刺史，他派人来进贡，还给刘裕送了益智粽。刘裕呢，给他回了个续命汤，这俩人那是暗地里较劲呢。那时候扬州刺史王猛死了，刘毅他们不想让刘裕进朝廷辅政，想推谢琨当扬州刺史。刘穆之悄悄跟刘裕说：“晋朝的命脉已经掌握在您手里了，您功勋卓着，地位崇高，怎么能当个小小的守藩将呢？扬州是根本之地，不能让别人占了。”刘裕一听，有理，就自己当了扬州牧。
想当年，苻家败落，王猛、孙镇恶这两位英雄好汉就投奔了刘裕。他们骑马射箭可能不是最厉害的，但人家有脑子，做事果断，有人就推荐给刘裕了。刘裕跟他们一聊，嘿，那叫一个投缘，连说：“我听说将门出将，这话真不假！”
后来，刘裕带着水军从淮河杀进泗水，南燕的慕容超急得召集大臣们开会。公孙五楼出了个主意：“吴兵长途跋涉，咱们得速战速决。咱们得守住大岘山，别让他们进来，磨掉他们的锐气，再来个坚壁清野。然后咱们挑些精兵，沿着海边往南走，断了他们的粮道。再让段晖带着兖州的兵马，从山东一路打下来，咱们前后夹击，他们肯定玩完！”可慕容超不听，非得跟刘裕硬碰硬。
刘裕过了大山，那是高兴得手舞足蹈，指着天说：“咱们这回稳了！”旁边的人问：“您还没见到敌人呢，怎么就这么高兴？”刘裕说：“咱们的兵马已经过了险地，士兵们都有决一死战的心，粮食也充足，咱们赢定了！”
果然，刘裕跟南燕的兵马在临朐一开打，南燕那是大败，段晖等十几个将领都被砍了头，慕容超吓得跑回广固去了。这广固啊，就在现在的山东青州府城北。刘裕那是乘胜追击，一直追到广固，把外面的大城给攻下来了。
慕容超带着残兵败将躲进了内城，刘裕就围着他们建了个大围墙，天天守着。北方的老百姓一看这架势，都拿着武器、背着粮食来投奔刘裕，每天都有好几千人。南燕的内城迟迟攻不下来，刘裕干脆带着所有的兵马去攻。结果南燕的尚书悦寿一看大势已去，干脆开门投降，慕容超想跑，结果被刘裕给抓回来了，送到建康给宰了。
再说那卢循，他姐夫徐道复劝他趁刘裕北伐的时候偷袭建康，卢循还真听了。朝廷一看这架势，赶紧召刘裕回来。刘裕正琢磨着要不要留在下邳经营司雍呢，一看诏书，没办法，只好带着精锐步兵回来了。走到山阳的时候，听说何无忌战败身亡，刘裕那叫一个急啊，赶紧带着兵马日夜兼程往建康赶。走到江边要过江的时候，风大得吓人，大家都说不行。刘裕说：“要是天命在咱们这边，这风自然会停，不然咱们淹死算了！”说完就命令上船，结果船一动，风还真停了。