因为众人的反对，安德鲁一开始并没有任命拿破仑担当意大利军团的司令官，而是令其作为军团下属一个精锐混编师团的指挥官。至于军团总指挥则是安德鲁的老朋友，一心想着提前退休养老的康克洛将军。

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上任伊始，康克洛就依照安德鲁执政官的授意，将拿破仑-波拿巴视为下一任的军团司令官，他极少干涉已实际成为军团副总指挥的拿破仑的行动自由。因此，年龄相差近30岁的两位将军的关系显得十分融洽。

从1795年10月到1796年4月，正式卸任总指挥职务的这半年时期内，康克洛就一直留守尼斯大本营，包养情妇，夜夜歌舞升平，而将前线指挥的任务交付给了27岁的拿破仑-波拿巴。

偶尔的，康克洛也会履行一下军团总指挥的职责，前往里昂、瓦朗斯、尚贝里、尼姆、马赛与土伦等地，督促南方各地，落实督政-府划拨给意大利军团的兵源补充、枪支弹药与军需补给。

正如安德鲁预料的那般，拿破仑在成为军团的实际总指挥后，并没有匆匆忙忙的向撒丁-奥地利联军发动全面进攻，而是非常谨慎的详细研究了梅里波斯元帅于1744年至1745年在那里进行战役的经验，特别是认真探讨过梅里波斯的参谋长包尔色特将军拟制的进攻皮埃蒙特的作战计划。

不仅如此，拿破仑还走遍了滨海阿尔卑斯山南段面向法国一边的几乎所有隘口，反复熟悉法国至热那亚海滨地段的险要道路，并且不止一次地为意大利军团制定与修改作战计划。

在另一方面，拿破仑还联合军情局收集与甄别联军的相关情况，配合宪兵队大力整顿军团内部的军风军纪，他还亲自训练步兵队列，提升炮兵的作战技能，第一时间为军中士兵补发之前的欠饷，不停的树立他本人在军中的绝对权威。

顺便的，拿破仑借助软硬兼施的手腕，成功修理了“不守军纪”的马塞纳和“土匪”一般的奥热罗，这样的军中刺头的同时，也赢得了格鲁希、塞吕里耶、拉哈普、儒贝尔等，一群师旅级优秀指挥官的支持。

似乎是折服于格鲁希的学识，拿破仑居然与其一见如故，视为知己。等到今年2月，康克洛将军如愿以偿的从意大利军团病退，带上两个漂亮情妇，回到他朝夕梦想的巴黎，开始在元老院里养老。

与此同时，一直都担当副职的拿破仑-波拿巴，也顺理成章的成为意大利军团的代理司令官，在等到安德鲁下达任命的第二天，拿破仑就上书督政-府和总参谋部，请求格鲁希担当自己的参谋长。

1795年10月，当拿破仑从巴黎来到意大利军团的时候，他身边只有4个朋友：缪拉、朱诺、马尔蒙，以及拿破仑17岁的弟弟路易。

作为意大利贵族的后裔，拿破仑大致了解意大利的历史与现状。在他离开巴黎之前，无所不知的穿越者，还是以第一执政的身份，给予拿破仑上了一节长达3个小时的，涉及意大利11国的政治课程。

处于分裂状况中的意大利，长期以来都是波旁王室和哈布斯堡王室互相角逐的战场。

这两个王室（国家）之间的种种敌对行动，再加上市民与贵族间的相互纠纷，使得这个昔日曾经为欧洲制定法律与规则的民族，现在却沦于十分软弱无力的状态。

在过去，欧洲曾经是罗马人驰骋的战场。而到如今，孕育过强大罗马帝国的意大利，却成了欧洲列强争夺霸权的战场。

奥地利的哈布斯堡王室统治着这地区的北部：他们在那里占领了富饶的米兰公国和曼图亚这个大要塞，以及一些零星的王室封地。

这个奥地利王室的一个后代，也就是神罗皇帝弗兰兹二世的大弟弟，昏庸无能的费迪南多三世坐镇于佛罗伦萨，统治着繁华的托斯卡纳公国。摩德纳和卢卡，也是在奥地利维也纳宫廷的统辖之下。

意大利半岛的南部，连同西西里岛，则是在西班牙波旁王室的后代费迪南四世的统治下。他把臣民禁锢在中世纪的愚昧和奴役状态中。此外，他的王朝还控制着巴马公国。