袁可立膝行几步，眼泪不争气的流了下来，说道：
“爹啊，您别这么说，人定胜天，您一定能坚持住的…”
然而，此时的袁可立，已然来到了生命尽头。只见袁可立脸色逐渐变的红润起来，人仿佛又有了力气，坐了起来说道：
“儿啊，爹到时候了。爹死后，袁家门楣就要靠你撑起来了，望你能侍候好你母亲，善待妻儿仆役…陛下乃是中兴之主，你要忠心辅佐他…”
袁可立此时就像一个唠叨的长舌妇，不断地安排着家中琐事，场中众人心知这是老爷子回光返照了，一个个都拼命的点头，却不敢出声打扰。忽然，就见袁可立遥望辽东方向叹息道：
“鞑虏未灭，半道崩殂，于心不甘啊…不甘啊…”
说到这里，声音戛然而止，只见其双眼圆睁，仍旧遥望北方。崇祯九年五月，军部大都督，上柱国，帝师袁可立卒。
朱由检紧赶慢赶，还是没有见到袁可立最后一面。到达袁府的时候，整个袁府哭声一片，礼部的人已经将老爷子入了棺，设了灵堂。朱由检见状扶棺痛哭，悲痛欲绝。
袁可立的身后事与徐光启一样，朱由检执弟子礼为其送葬，在英烈祠外塑袁可立像，树碑立传，随后入英烈祠，配享太庙，并在袁府前街衢之中修东西过街二石坊，左曰“三世司马”，右曰“国之柱石”。
后来，大明逐渐流传出一句话，文不过徐，武不过袁。由此可见，袁可立，徐光启在文武官之中的地位之崇高。
随后，朱由检按照袁可立遗愿，晋升李信为军部首席大都督，掌军部事，上柱国秦良玉辅之。晋升赵率教为昭武将军，孙传庭为建威将军，张晓为龙虎将军，郑芝龙为定国将军，孙国祯为昭勇将军，满桂为昭毅将军，至此，朱由检彻底将军部三品以上武职补全，其余职位皆按军功由各军之中提拔补足。
至于成国公，朱由检则在系统之外给他另外起了一个名号安置，名为奋威将军（无品级），就让他在陕西慢慢玩去。
崇祯九年十月，军部调洪承畴率部入河南，协同马祥麟，张世泽，唐王三部镇压河南，到崇祯十年三月，河南全境实现摊丁入亩，随后朱由检于各地皇庄学院抽调精干力量入豫，全力推行新政，推广高产粮种。