由于小美想要妈妈，在塔中化身为她爸爸的炎帝，便催眠了小智的妈妈，并将她绑架进结晶塔充当小美的妈妈。

小智此时已经无法置身事外，必须设法驱除未知图腾们，解救妈妈和小美，摆脱结晶塔神秘力量的控制。

小智、小霞、小刚还有他们的宝可梦在小凌给予的宝可装置的帮助下，一边同在宝可梦中心的大木博士保持联系，一边向着结晶塔进发。

跟踪皮卡丘而来的火箭队三人组也尝试着调查宅邸，结果被炎帝击飞掉入了宅邸深处。

小美在电视里看到小智一行人并进入了梦乡，幻想着她成为了一名宝可梦训练家。

由于在电视中看到小智，花子不被炎帝注意到地从恍惚中摆脱了出来。

随后炎帝在梦境中制造了成年的小美并带她向小智一行人挑战。

为了拖延时间，小刚让小智和小霞先行离开，自己留下与小美对战。

但小美幻想的宝可梦们实力远胜小刚；随后小美又幻想自己成为了一名道馆馆主，与小霞进行了水下友谊赛，但胜负未决。

小智终于找到了小美和花子，但是此时小美心灵已经被扭曲的幻象迷惑，认定谁都不能抢走她的幸福，厚重的心防使得小美拒绝同小智离开结晶塔。

炎帝阻止小智同花子离开，并向小智发动了攻击。

炎帝虽然是被未知图腾所召唤出来的。

但炎帝不仅仅拥有炎帝的外表，同样也拥有着炎帝的实力。

小智与皮卡丘根本就不是炎帝的对手。

几个回合下来不仅没占到便宜，甚至被逼入到了绝境之中。

就在这时！

远在喷火龙山谷的喷火龙在电视中看到了小智等人的近况之后。

立刻就动身飞往了结晶塔所在的区域。

就在小智与皮卡丘即将遭遇险境之时。

喷火龙成功抵达！

喷火龙朝着小智点了点头。

小智也心领神会，翻身爬上了喷火龙的身上。

小智与喷火龙心念合一。

与诞生于未知图腾的炎帝展开了殊死搏斗。

在四面结晶的包围之下。

喷火龙在小智的指挥之中与炎帝互相纠缠。

但炎帝毕竟是炎帝！

虽说最开始利用飞行的优势取得了一定的领先。

可时间一长，实力上的差距是无法弥补的。

对方的一发神圣之火成功将喷火龙击落。

第一次与神交战。

最终是以喷火龙的落败收场。

愤怒的炎帝想要给予喷火龙致命一击，但清醒过来的小美命令前者住手并恳求其停止战斗。